Flash MX 2004の「ActionScript辞書」によれば、System.capabilities.languageの英語システム上の戻り値は、"en"です。Flash Player 6では、この値が異なります。
Flash MXの「ActionScript辞書」には、英語システムについてサポートされる国およびタグとして、アメリカ合衆国の"US"とイギリスの"UK"が掲載されていました。つまり、米国システム上では、System.capabilities.languageプロパティは"en-US"を返していました。Flash MX 2004では、このタグのサポートがなくなったということです。
この変更は、Flash Playerの仕様に対するものです。したがって、SWFムービーがFlash MXからFlash Player 6でパブリッシュされたとしても、Flash Player 7上では"en-US"でなく"en"を返します。
だからどうということでもありません。この仕様変更は、日本語システムをベースとしたコンテンツ作成には、とくに影響はないでしょう。